Река Малый Юган протекает в пределах Сургутского района Ханты-Мансийского автономного округа России.

Река Малый Юган берет свои истоки около границы Томской области в Васюганских болотах и преодолевая свой путь, длиной 521 км, по центральной части Западно-Сибирской низменности впадает в реку Большой Юган на 121 км от ее устья около поселка Малоюганский. Общая площадь бассейна реки составляет 10200 кв. км, питается осадками в виде дождя и снега и восполняется многочисленными притоками. Входит в состав Верхнеобского бассейнового округа, имеет код водного объекта в государственном водном реестре: 13011100212115200048458.

Равнинная река с извилистым руслом имеет множество меандров и стариц, а бассейн реки утопает в изумрудной зелени сибирской тайги. Среднее течение реки протекает в пределах восточной границы заповедника Юганский. На реке располагаются населенные пункты: Ларломкины, Тайлаково, Таурова, Каюковы, Угут, Малоюганский и Юган.