Река Индига протекает в Российской Федерации, по территории Ненецкого автономного округа. Берёт своё начало из болот, расположенных в предгорьях Тиманского кряжа. Далее, по Малоземельской тундре, держит путь в направлении устья. Преодолев расстояние протяжённостью в 193 километра, река впадает в Индигскую губу Баренцева моря.

На данный момент нет однозначного суждения по вопросу происхождения гидронима Индига. Вероятнее всего, он образован путём слияния двух слов «инд» и «яха», что в переводе означает «река туманов». Существует также версия, что основой для данного названия послужили слова «ёнд» и «яха». В этом случае дословный перевод будет звучать так: «река с очень быстрым течением».

По данным Государственного водного реестра Индига принадлежит к Двинско-Печорскому бассейновому округу. Площадь её водосбора равна 3790 кв.км. Верхнее течение Индиги изобилует порогами и перекатами. Питание осуществляется за счёт таяния снегов. В период с октября по май речка покрыта льдом.