Озеро Малый Бугодак расположен к югу от Большого Бугодака. На южном его берегу находится город Верхнеуральск Челябинской области. Площадь этого водоема немного меньше, чем у соседа, всего 404 гектаров, максимальная глубина - 6 метров.

Озеро бессточное, глухое, растительность подводная и надводная очень слабая. Дно песчаное, немного покрыто илом. В нем водится ерш, карась, плотва, язь, окунь, линь, карп, встречается щука, посажен рипус-гибрид.

За последнее время озеро усиленно используется как база для разведения карповодства южных районов Челябинской области из-за сооружения здесь рыбзаводом карпового питомника. Возможно, поэтому любительское рыболовство запрещено на неопределенный срок.

По числу редких и исчезающих видов растений, сконцентрированных на относительно небольшой территории, окрестности берегов и близлежащих участков не имеют равных в лесостепной зоне области. На берегу озера Малый Бугодак встречаются коротколучник реснитчатый, а из редких животных - прыткий степной и черный блестящий муравей, луговой муравей, формика прессилабрис, зарегистрирован махаон.

Болото к западу от озера Малый Бугодак является местом произрастания нескольких редких видов растений из семейства орхидных: дремлик болотный, бровник одноклубневый, пальчатокоренник Руссова, липарис Лёзеля, скрученник приятный, а также: болотница пятицветковая, мытник Карлов скипетр.